《哥斯拉终极之战》讲述了若干年前，人类在南极用超级战舰“炸弹”打败了“哥吉拉”，并将“哥吉拉”封印在地下。但地球上除了“哥吉拉”，还有许多怪物，各大人类城市如猛虎般凶残盯着坏心，伺机抢夺。于是，人类成立了“地球防卫部”，以应对各种怪物的入侵。地球国防部最强大的成员是“天空炸弹”和它的队长“道格拉斯戈登上校”，他封印了哥吉拉。此外，为了应对怪物给人类带来的麻烦，地球国防部特别挑选了具有特殊能力的人类。这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，使这些人类拥有比普通人更强的体力和敏捷，以应对怪物的攻击。其中最好的是“尾崎少尉”。不久前，人们挖出了一个巨大怪物的遗骸，而这个怪物具有机械和生物的性质。人们怀疑，能够将生物与机械结合的怪物应该来自外太空。很快，尾崎新一收到了宝贝岛“小美女”的警告，怪物是被“摩斯拉”封印的“盖冈”，它的出现代表着人类的灾难。盖子出土不久，世界各地突然同时遭到各种怪物的袭击。一时之间，地球防卫部忙得焦头烂额，十分狼狈。有时忙得不知如何是好，带着夸张的意味。但突然出现的神秘飞行器将这些怪物全部带走。这些自称“Xer”的外星来客声称自己是人类的朋友，要与人类建立联盟因为里面有些镜头两个电影很相似，例如哥斯拉里的男主角，用手停住了向他射来的n道激光，而黑客帝国里停住了子弹，似乎哥斯拉还先进一点啊还有些也相似，估计黑客帝国也是吸收了n多元素，否则不可能一出来就那么出色，看来惊艳的镜头或者说成功的东西，之前都是有积累的，都是站在了巨人的肩膀上呵呵